Реформация началась приблизительно в 1517 году. Мартин Лютер не намеревался восставать против Католической церкви. Его труды показывают, что он хотел всего лишь прояснить людям доктрину об оправдании верой. Однако после Лютера многие реформаторы начали покидать Католическую церковь. Лютер совершил ошибку, оказав поддержку установлению государственных церквей в Германии. Эта ошибка привела к образованию многих государственных церквей в Германии и за её пределами. Государственные церкви отделились от Католической церкви, однако сохранили много аспектов организации отступнической церкви, особенно иерархию духовенства. Эта организация убивает функцию членов. Сегодня в Католической церкви и в государственных церквях мы не видим функционирования всех членов. Духовные функции вместо мирян осуществляют нанятые представители духовенства.
После образования государственных церквей ищущие святые начали видеть благодаря чтению Библии определённые аспекты истины. Например, некоторые увидели, что крещение следует осуществлять погружением, а не кроплением (католическая практика). Те, кто увидел в Писаниях крещение погружением, твёрдо стояли за эту истину и даже подвергались за неё гонениям. Таков источник баптистской церкви, которая представляет собой частную церковь. Другие примеры частных церквей — это пресвитерианская церковь и методистская церковь. Им тоже не удалось отсечь все аспекты организации. Государственные церкви и частные церкви унаследовали организацию от своей «матери», Католической церкви.
Начиная со второго столетия отцы церкви стали проводить дебаты, дискуссии и прения, отстаивая свои многосторонние представления о Троице и личности Христа. Эти доктринальные дебаты привели к разделению церкви. Затем к власти пришёл Константин Великий. Поскольку он не хотел, чтобы в его империи происходила религиозная борьба, он созвал всех великих учителей на собор в городе Никея в 325 году по Р. Х. По итогам этого собора появился Никейский символ веры. Однако первый Никейский символ веры был неполным, и на одном из последующих соборов в него было внесено исправление в виде дополнения, гласящего, что Святой Дух — это «Господь и Дарующий жизнь, который исходит от Отца, и Ему вместе с Отцом и Сыном следует воздавать поклонение и славу». Однако этот символ веры так и не смог остановить споры и разделения. Итак, с самого начала церковь была повреждена организацией, которая убивает функцию членов Тела, и разделением, которое появляется вследствие доктринальных споров. Начиная с шестнадцатого столетия в частных церквях происходили одно разделение за другим. После Второй мировой войны стали появляться независимые группы, особенно в Соединённых Штатах. Сегодня среди христиан существуют тысячи разделений.
Божий замысел состоит в том, чтобы получить надлежащую церковь, полную жизни и составленную Христом, в качестве выражения Бога на земле. Сегодня церковь полностью умерщвлена организацией и разделена на множество различных групп. Большинство христианских групп держатся основных положений веры в отношении Библии, Личности Христа и спасения, но они стали совершенно несостоятельны в том, что касается исполнения Божьего замысла. Организация и разделение мешают церкви быть живым организмом — Телом Христовым как полнотой Того, кто наполняет всё во всём, — для выражения Бога.
Деградация церкви в течение столетий была результатом не только организации и разделения, но и смеси с язычеством. После того как Константин Великий принял христианство, в церковь было привнесено множество языческих вещей, которым были даны христианские названия, в том числе Рождество, Пасха и поклонение Марии. Джордж Пембер в своей книге «Тайна Вавилона Великого» дал ясное определение языческим вещам, привнесённым католицизмом. В Мф. 13:33 Господь уподобляет эту смесь закваске, «которую женщина взяла и скрыла в трёх мерах муки, пока всё не заквасилось». Эта женщина представляет собой отступническую Римско-католическую церковь, названную Иезавелью в Отк. 2:20. Сегодня закваска пропитала почти все истины. Закваска Рождества была добавлена в истину о воплощении. Пасха была добавлена к воскресению. В деградировавшем христианстве истина утратила свою чистоту.